Die zwischen den gesetzlichen Krankenkassen und einem niedergelassenen Arzt in der Integrierten Versorgung vereinbarte Fallpauschale beinhaltet regelmäßig sowohl die medizinische Betreuung als auch die Abgabe von Arzneien und Hilfsmitteln. Damit sind in der Vergütung grundsätzlich sowohl Einkünfte für freiberufliche (ärztliche) als auch gewerbliche Tätigkeiten erfasst, für die Gewerbesteuer anfallen kann. Sobald die Einnahmen aus der Integrierten Versorgung eine Geringfügigkeitsgrenze von 1,25% des Gesamtumsatzes übersteigen, besteht die Gefahr, dass auch die übrigen ärztlichen Einkünfte in die Steuerpflicht mit einbezogen werden und damit der gesamte Praxisgewinn der Gewerbesteuer unterliegt.

Betroffen von diesen bislang noch nicht höchstrichterlich bestätigten Nachteilen sind nach aktueller Gesetzeslage wohl nur die Gemeinschaftspraxen, nicht die Einzelpraxen und Praxisgemeinschaften.